As causas de baixa estatura são variadas e nem sempre associadas à falta do hormônio do crescimento (GH). As crianças podem ter baixa estatura por fatores hereditários (baixa estatura familiar), por algumas disfunções de outros hormônios como os da tireóide, por atraso no início da puberdade, uso crônico de algumas medicações, erro alimentar, algumas doenças que prejudicam a absorção adequada de nutrientes pelo corpo e algumas doenças como insuficiência renal ou hepática e algumas doenças genéticas. Essas situações podem fazer com que a estatura fique abaixo da esperada para aquela idade e sexo